O Babišově minulosti se diskutuje především v souvislosti s jeho možným angažmá ve vládě.

"Babiš na 98 procent nebyl agent," řekl bývalý kapitán ekonomické kontrarozvědky, který žije v Bratislavě. Z manipulace se spisem obvinil bývalé kolegy, s nimiž se dostal před sametovou revolucí do konfliktu. Svoje tvrzení je připraven zopakovat před soudem.

"O tom fakt nic nevím, s StB jsem nespolupracoval," reagoval na dotaz v sms zprávě Babiš. "Tato pseudokauza týkající se doby před třiceti lety byla ODS a TOP 09 zneužita proti mě v předvolebním boji," tvrdí. Za aférou podle něj stojí některá média, ze Slovenska i ČR. "Ředitel Ústavu paměti národa od vyhlášení parlamentních voleb vystupoval velice nestandardně. Rok a sedm měsíců před tím mou žalobu vůbec neřešil, mlčel a byl pasivní," doplnil Babiš.

Záznamy o Babišově spolupráci s StB zveřejnil bratislavský Ústav paměti národa (ÚPN). Podle dokumentů měl spolupráci podepsat v listopadu 1982. Slovenský list SME už dříve s odvoláním na informace z archivních dokumentů uvedl, že krycí jméno Bureš, pod kterým byl Babiš veden v osobním svazku StB, figuruje ve zprávách z operace s názvem Voják a Oko.

Babiš se s ÚPN soudí a trvá na tom, že StB na něho vedla svazek bez jeho vědomí a že je oběť. Případ považuje za zmanipulovaný. Vedení ÚPN nechtělo na tvrzení o falšování svazků bezprostředně reagovat, uvedl týdeník. Radek Schovánek z Ústavu pro studium totalitních režimů (ÚSTR) ovšem nedávno deníku SME řekl, že už přečetl tisíce spisů, ale s tím, že by důstojníci StB falšovali záznamy, se setkal zatím jen jednou.

Z koaličních jednání vítězné ČSSD s hnutím ANOKDU-ČSL zatím vyplývá, že by mohl Babiš v kabinetu zaujmout post ministra financí nebo vicepremiéra pro ekonomiku. Prezident Miloš Zeman se ale nechal slyšet, že do vlády jmenuje jen ministry s čistým lustračním osvědčením, které by měl asi Babiš problém před verdiktem soudu získat.