Učil své muže, koho mají zabíjet. Za genocidu dostal velitel hutské milice ve Rwandě doživotí
Během rwandské genocidy zmasakrovali radikální Hutuové za pouhých 100 dní od dubna do července na 800 tisíc menšinových Tutsiů a desetitisíce umírněných Hutuů.
Munyagishari podle jednoho z trojice soudců cvičil své muže v tom, jak rozlišit Hutua od Tutsie. Také jim říkal, jak jednat – Tutsie prý musejí zabíjet „jako hady, udeřit prudce do hlavy, jinak se odplazí”.
Munyagishari nechával členy milice přepravovat k zabíjení autobusy. Osobně pomáhal rozdávat zbraně – pistole, mačety, sekery a palice.
Munyagishari byl zatčen v Kongu v roce 2011. Nejdříve ho soudil Mezinárodní tribunál pro Rwandu (ICTR) v Tanzanii, po uzavření tohoto soudu putoval případ do Rwandy. Muž je nyní v ústřední věznici v metropoli Kigali a vyhlášení rozsudku se neúčastnil.