Společnost Seagle Air se ocitla v kritické situaci v říjnu 2009, když v noci z 22. na 23. října zastavila všechny lety z důvodu finančních problémů. Ministerstvo dopravy následně vykonalo u společnosti finanční a bezpečnostní audit.

„Kontrola, kterou vykonal Letecký úřad Slovenské republiky prokázal, že společnost Seagle Air dál nemůže vlastnit osvědčení provozovatele letadel. V současnosti společnost není technicky způsobilá k vykonávání letecké dopravy,“ uvedl mluvčí ministerstva dopravy Stanislav Jurkovič.

Letecká společnost SkyEurope zkrachovala v září. Seagle Air přestala létat koncem října. Společnost Seagle Air byla zapsaná v obchodním registru od roku 2001.