Během rwandské genocidy zmasakrovali radikální Hutuové za pouhých 100 dní od dubna do července na 800 tisíc menšinových Tutsiů a desetitisíce umírněných Hutuů.

Munyagishari podle jednoho z trojice soudců cvičil své muže v tom, jak rozlišit Hutua od Tutsie. Také jim říkal, jak jednat – Tutsie prý musejí zabíjet „jako hady, udeřit prudce do hlavy, jinak se odplazí”.

Munyagishari nechával členy milice přepravovat k zabíjení autobusy. Osobně pomáhal rozdávat zbraně – pistole, mačety, sekery a palice.

Munyagishari byl zatčen v Kongu v roce 2011. Nejdříve ho soudil Mezinárodní tribunál pro Rwandu (ICTR) v Tanzanii, po uzavření tohoto soudu putoval případ do Rwandy. Muž je nyní v ústřední věznici v metropoli Kigali a vyhlášení rozsudku se neúčastnil.