Na rozdíl od ostrova Vanuatu, který byl v neděli také postižen, způsobilo zemětřesení v Japonsku řadu škod. Premiér Šinzo Abe v pondělí oznámil, že zničeno bylo 68 domů a poškozeno dalších 164, většinou v okolí Wadžimy na poloostrově Noto. Otřesy byly cítit až v Tokiu.

Zemětřesení porušilo také vodovodní řady a potrhalo dráty elektrického vedení. Jedinou obětí nedělního zemětřesení se stala 52letá žena, na  kterou se sesul na zahradě kámen. Další lidé byli pořezáni sklem, které se sypalo z rozbitých oken, nebo poraněni sutí. Tisíc lidí bylo z Wadžimy evakuováno. Celkem 2600 osob muselo strávit noc v útulcích či ve svých automobilech.

Japonsko patří k seizmicky nejaktivnějším oblastem na světě. Zaznamenána tu byla pětina všech zemětřesení přesahujících šest stupňů Richterovy škály.

V říjnu 2004 postihlo oblast Niigata na severu Japonska zemětřesení o síle 6,8 stupně. Zahynulo 65 lidí a zraněno bylo více než 3000 dalších. V roce 1995 zasáhly město Kóbe otřesy o síle 7,3 stupně. O život tehdy přišlo více než 6400 lidí.