Muslimové byli pobouřeni citací slov byzantského císaře ze 14. století Manuela II. Paleologa, že islám přinesl samé "špatné a nelidské věci".  Po papežovi žádali jasnou omluvu. Vysvětlení, že šlo o citaci, která nevyjadřuje papežův osobní názor, jim nestačilo.

"Dnes bych rád zdůraznil svůj úplný a hluboký respekt ke všem muslimům," řekl papež v krátké řeči k vyslancům. Volal též po "upřímném dialogu plném vzájemného respektu". Dodal, že křesťané a muslimové musí odmítnout všechny formy násilí.

Citát Manuela II. Paleologa "Ukažte mi, co Mohamed přinesl nového, a uvidíte, že jsou to samé špatné, nelidské věci, jako příkaz šířit jeho víru mečem."

Německý týdeník Focus ovšem tvrdí, že papež si byl vědom kontroversnosti svého řezenského projevu. Citaci Manuela II. Paleologa zařadil navzdory radám pracovníka římské kurie, který dostal nástin přednášky k posouzení, aby citaci vypustil. Papež však prý považoval citát za opodstatněný jako součást snahy o kritický dialog.

"Nikdy se netajil tím, že mu jde o pravdu, a už ne tolik o to, co to vyvolá," cituje Focus zdroj z Vatikánu. Hned několik znalců poměrů ve Vatikánu vyjádřilo pochybnost nad tím, že se sporný citát dostal do projevu jen díky nepozornosti, a připomínají, že papež se tématem vztahů mezi náboženstvími, násilím a rozumem zabývá dlouhodobě a intenzívně.

Muslimy papež pobouřil a i v Evropě byl jeho výrok hodnocen často jako sporný, což překvapilo předsedu Evropské komise José Manuela Barrosa: "Byl jsem rozčarován, že nebylo více evropských vůdců, kteří by řekli, že má papež právo vyjádřit svůj pohled. Problémem nejsou výroky papeže, ale reakce extremistů."