Článek
Ve vazbě Mezinárodního trestního tribunálu pro bývalou Jugoslávii (ICTY) totiž strávil 11 let.
Haagskému tribunálu se Šešelj vydal dobrovolně v únoru 2003, jen krátce poté, co ho žalobci obvinili ze zločinů proti lidskosti a válečných zločinů. Zodpovídal se z podílu na etnických čistkách v Bosně, v Chorvatsku a v severosrbské provincii Vojvodině. Mezi body obžaloby byly mimo jiné vražda, mučení, sexuální násilí a ničení majetku. Vinu ale odmítl, stejně jako legitimitu soudu.
„Nikdy jsem nikoho nesvolával do války, dokud to nebyla otázka obrany Srbů,” prohlásil v roce 2008 a dodal, že boj, který Srbové vedli, nebyl namířen proti Chorvatům ani Muslimům, ale proti jejich "poručníkům – Německu, Vatikánu, Americe a NATO".
Z operace už se nevrátil
V listopadu 2014 se mohl kvůli léčbě rakoviny střev vrátit do Srbska. O rok později se ale odmítl podřídit nařízení soudců, aby opět přijel do Haagu.
Senát ICTY Šešelje v březnu 2016 většinou hlasů zprostil viny ve všech bodech. Dospěl k závěru, že nebyla dostatečně prokázána osobní odpovědnost obžalovaného za zločiny spáchané v Bosně, Chorvatsku a srbské oblasti Vojvodina za válek v letech 1991–1995.
Proti osvobozujícími verdiktu, který vyvolal rozhořčení zejména mezi blízkými muslimských a chorvatských obětí války, se žalobci ICTY odvolali. Podle jejich názoru se soudci dopustili závažných skutkových i právních pochybení a rovněž nevyhodnotili řádně veškeré důkazy.
MICT shledal Šešelje trestně odpovědným za zločiny proti lidskosti, které podnítil svými výzvami ve Vojvodině k vypuzení tamního chorvatského obyvatelstva. Po projevu z května 1992 v obci Hrtkovci, při němž přečetl seznam lidí, kteří by měli odejít do Chorvatska, část Chorvatů z obavy sama odešla. Povzbuzeni tímto Šešeljovým počinem pak srbští nacionalisté zahájili kampaň obtěžování a zastrašování dalších Chorvatů, a přiměli je k odchodu.