Přesvědčenou demokratku a stoupenkyni reforem zastřelil nájemný vrah v listopadu 1998 v jejím petrohradském bytě. Zabiják zasáhl střelou ze samopalu do hlavy i jejího asistenta, ten však přežil. Vražda vyvolala velký rozruch. Bezprostřední pachatele se podařilo dopadnout a v roce 2005 odsoudit,  bývalý příslušník armádní rozvědky GRU Jurij Kolčin dostal dvacet let a  zabiják Vitalij Akinšin 23,5 let vězení.

Dlouho se ale nedařilo dosáhnout na muže, kteří si vraždu objednali. Policisté Gluščenka zatkli v roce 2009, když si přišel na služebnu v Petrohradu vyměnit doklady. Obvinili ho z vydírání a trojnásobné vraždy petrohradských podnikatelů, spáchané na Kypru. Loni v dubnu uzavřel dohodu s vyšetřovateli, v jejímž rámci udal podnikatele Vladimira Barsukova, zvaného v podsvětí Kumarin, že si u něj vraždu Starovojtovové objednal.

Poprosil o odpuštění

„Prosím ruský lid, aby mi odpustil,” řekl v posledním slově Gluščenko. Dodal, že byl nucen předat zabijákům pokyn k vraždě, protože jinak by byl sám zabit.
Rusku v bouřlivých 90. letech bývaly vraždy politiků a podnikatelů dosti běžné. S příchodem Vladimira Putina k moci těchto zločinů ubylo.

Gluščenko, kterého tisk označoval za člena „tambovské mafie”, působil v dumě za nacionalistickou stranu Vladimira Žirinovského v letech 1995 až 1999, pak odjel do ciziny.

Starovojtovová bývala v éře prvního ruského prezidenta Borise Jelcina známou političkou. V lednu 1993 zasáhla i do české politiky, když veřejně informovala o hypotéze, že za smrtí bývalé vůdčí osobnosti Pražského jara 1968 a předsedy Federálního shromáždění ČSFR Alexandra Dubčeka po roce 1989 mohly stát zájmy bývalé sovětské tajné služby KGB.