Ústavní soud tak vyhověl podání skupiny 46 vládních poslanců v čele s Vladimírem Mečiarem, kteří požadovali zrušení Speciálního soudu a Úřadu speciální prokuratury. Tu ale úřad nezrušil.

Podle odborníků však rozhodnutí Ústavního soudu nemá vliv na procesy, které Speciální soud ukončil. Případy proto nebude možné obnovit. Speciální soud poslal za mříže například gang tzv. kyselinářů, kteří své oběti rozpouštěli v kyselině sírové, tunelářů nebankovních společností BMG Invest a Horizont Slovakia nebo dvou mafiánských bossů odsouzených k doživotnímu trestu.

Skupina vládních poslanců ve svém podání k Ústavnímu soudu poukazovala především na vysoké platy soudců Speciálního soudu ve srovnání s ostatními soudci. Vadilo jim rovněž, že soudci Speciálního soudu museli absolvovat bezpečnostní prověrku Národního bezpečnostního úřadu. Podle nich to byl zásah do nezávislosti soudů.