Milutinović čelil obvinění z násilných deportací a vražd kosovských Albánců v první půlce roku 1999. Spolu s ním stanulo před soudem dalších pět prominentních představitelů bývalého řežimu - bývalý vicepremiér Nikola Sajnović, bývalý šéf jugoslávské armády a ministr obrany Dragoljub Ojdanić, někdejší jugoslávští generálové Nebojsa Pavković a Vladimir Lazarević a bývalý srbský policejní šéf Sreten Lukić.

Obžaloba požadovala pro šestici trest v rozmezí od dvaceti let po doživotí. Obvinění vinu odmítli. tři z nich poslal tribunál na 22 let do vězení, dva si mají odpykat 15 let.

Odsouzení v procesu 
Nikola Sajnović - bývalý místopředseda srbské vlády
22 let
Nebojsa Pavković - generál srbské armády
22 let
Sreten Lukić - bývalý šéf srbské tajné služby
22 let
Vladimir Lazarević - generál srbské amrády
15 let
Dragoljub Ojdanić - bývalý náčelník generálního štábu 15 let

 

Proces byl největším, který zatím ICTY řešil. Začal v červenci 2006 a žaloba v jeho průběhu předvolala ke svědectví 113 lidí, zatímco obhajoba 118.

Milutinović (66) byl během konfliktu v Kosovu vnímán jako loutka svého mentora a tehdejšího jugoslávského prezidenta Slobodana Miloševiče. Ten zemřel v roce 2006 ve vězeňské cele během procesu. Milutinović převzal úřad srbského prezidenta v roce 1997 právě po Miloševičovi.

  

Svědkové obžaloby popsali obléhání měst a obcí srbskou armádou, vraždění civilistů a znásilňování žen v roce 1999. I když byl Milutinović obviněn ještě během bojů, svůj pětiletý mandát dokončil. Imunitu ztratil až v roce 2002.

Celkem ICTY obvinil devět čelních bývalých srbských a jugoslávských představitelů za zločiny srbských sil v Kosovu. Vlajko Stojilković, bývalý přední policista a blízký spolupracovník Miloševiče, spáchal v roce 2002 v Bělehradu sebevraždu. Vlastimir Dordević, další bývalý bezpečnostní představitel Srbska, byl do loňského ledna na útěku a proces s ním začal teprve před třemi týdny.