Armáda zničila především dokumenty z let 1988 až 1990. Ty zahrnovaly záznamy o činnosti tajných spolupracovníků, zprávy o činnosti agentů, informace o zpravodajských akcích a informace o metodách práce VKR. Skartování probíhalo v období vlád Vladimíra Mečiara a Mikuláše Dzurindy.

"Kdybych o skartaci věděl, tak to zastavím," tvrdí ministr obrany Mečiarovy vlády Ján Sitek. Rovněž ministr obrany Dzurindovy vlády Pavol Kanis tvrdí, že o pokračujících skartacích nevěděl.

Bývalý člen skartovací komise Pavel Škára v likvidaci dokumentů nevidí nic problematického: "Skartovaly se jen jednotlivé listy. Zpravidla šlo o třetí nebo čtvrtou kopii, zbytek je v Praze."

VKR měla před rokem 1989 za úkol verbovat spolupracovníky z řad vojáků z povolání a vojáků základní služby. Shromažďovala informace o vojácích, kteří chtěli emigrovat nebo měli rodinu na Západě. Dokumentovala i trestnou činnost v armádě a odhalovala činnost západních agentů v Československé lidové armádě.