Společnost se k letu JK 5022 příliš nevyjadřuje s odkazem na probíhající vyšetřování. Letadlo startovalo s hodinovým zpožděním poté, co se cestou ke startovací dráze muselo vrátit kvůli přehřívání. Aerolinie dříve uvedly, že přehřátí nebylo příčinou pádu stroje.

Španělská ministryně dopravy Magdalena Alvarezová před parlamentní vyšetřovací komisí uvedla, že Spanair kontrolnímu středisku naznačily možnost výměny letadla. Nakonec ale hlásily, že poletí původní stroj.

Nehoda u Madridu byla nejtragičtější v zemi za poslední čtvrt století. Zdroje blízké vyšetřování uvedly, že letadlo nemělo při vzletu tah. To koresponduje s výpovědí Beatriz Reyesové-Ojedaové, jedné z osmnácti přeživších, které se zdálo, že letí pomalu. Také z videozáznamu ze startovací dráhy vyplývá, že letadlo se od plochy odrazilo později, než obyčejně.

Příčiny nehody se dál vyšetřují. Černé skříňky zkoumají britští experti.