List The New York Times (NYT) v prosinci uvedl, že se firma mezi lety 2004 a 2006 podílela i na tajných a převážně nočních únosech a přepadeních povstalců v Iráku. Někteří bývalí zaměstnanci navíc tvrdí, že spolupracovali i při tajných leteckých transferech lidí podezřelých z terorismu.

Kromě toho zaměstnanci Blackwateru nakládali nálože na americké bezpilotní letouny, které útočily na cíle v Pákistánu a Afghánistánu. Po odhalení těchto skutečností v médiích šéf CIA Leon Panetta oznámil rozvázání smluv se zaměstnanci Xe (Blackwateru).

Blackwater se přejmenovala na Xe po incidentu ze září 2007, kdy její pracovníci na bagdádském předměstí zastřelili sedmnáct civilistů. Bagdád požadoval zákaz činnosti firmy v Iráku a chtěl postavit ji i její zaměstnance před místní soud. Americká vláda to odmítla a obvinila pětici bývalých pracovníků služby.

Soud v USA však všechna obvinění vznesená vůči této pětici zamítl na přelomu roku. Rozhodnutí nebylo motivováno pochybnostmi o vině zaměstnanců Blackwateru, ale především formálními chybami žalobců, kteří podle soudce zacházeli s výpověďmi obžalovaných tak, že porušili jejich práva.