V pátek papež navštívil jeruzalémský chrám Božího hrobu, kde byl ukřižován Ježíš Kristus. Podle křesťanské tradice se pomodlil na hrobce, do níž byl Ježíš uložen a kde vstal z mrtvých. Benedikt XVI. přitom opět vybídl "lidi ve Svaté zemi k životu v naději na mírovou budoucnost". Podle něj může nastat "mír, spravedlnost, prosperita a spolupráce v celé lidské rodině“.

Před odletem na letišti Bena Guriona se opět vyslovil pro samostatný palestinský stát i pro právo Izraele na existenci. Vyzval k ukončení násilí na Blízkém východě. Také zdůraznil, že holocaust nesmí být nikdy zapomenut nebo popírán.

Izraelský prezident Šimon Peres při loučení poděkoval papeži za návštěvu země a zdůraznil, že to ukazuje na „pokračující dialog mezi Židy a křesťany.“

Benedikt XVI. ale při své návštěvě navštívil nejen svatá místa křesťanství a judaismu i památník obětem holocaustu, ale jako první hlava katolické církve také vstoupil do jeruzalémské mešity al-Aksá, kde jej přivítal velký muftí.