Colson byl považován za "génia zla" Nixonovy administrativy. Mimo jiné sepsal seznam Nixonových politických nepřátel, proti nimž bylo podle jeho názoru třeba vést akce. Deník The Washington Post ho v roce 1972 označil za "jednoho z nejmocnějších prezidentských poradců" v historii a za "mistra špinavých triků".

Colson v roce 1971 sestavil tým z agentů Federálního úřadu pro vyšetřování (FBI), kteří se pokusili diskreditovat odpůrce války ve Vietnamu Daniela Ellsberga. O rok později se stejný tým vloupal do kanceláří demokratů v komplexu Watergate, což odstartovalo skandál, který vyústil v Nixonovu rezignaci.

Prezidentův poradce Colson byl v aféře Watergate obviněn z maření vyšetřování. Přímé zapojení do vloupání se mu ale nepodařilo prokázat. Ve vězení si nakonec odseděl sedm měsíců.