Vojenské procesy znovu začnou po dvou letech, přerušeny byly z rozhodnutí americké administrativy v lednu 2009. Podezřelé z terorismu, kteří jsou na vojenské základně stále zadržování, chtěl Obama postavit před civilní soudy, které mohou důkazní materiál posuzovat kritičtěji než soudy vojenské. Toto rozhodnutí kritizovali někteří republikánští zákonodárci, kteří se obávali, že tak teroristé ujdou trestům.

Zatím jediný proces s vězněm z Guantánama před americkým civilním soudem skončil doživotním trestem vězení pro Tanzance Ahmeda Khalfana Ghailaniho, který byl shledán vinným v souvislosti s teroristickými útoky na americké ambasády v Keni a v Tanzanii. Šestatřicetiletý Tanzanec byl původně obviněn ve 285 bodech, porota jej ale v listopadu zprostila všech obvinění, kromě jediného - spiknutí za účelem poškození či zničení amerického majetku. Zproštění z většiny obvinění ukázalo podle kritiků na potenciální problémy při procesech před civilními soudy.

Kontroverzní věznici na vojenské základně Guantánamo zřídila po teroristických útocích na Spojené státy z 11. září 2001 bývalá vláda George Bushe mladšího, aby tam shromaždovala osoby podezřelé z terorismu. 
Bushův nástupce Obama se vězení, ve kterém je stále asi 170 podezřelých, snažil zavřít. Nedávno ale činitelé Obamovy administrativy připustili, že uzavření věznice je nepravděpodobné, protože není jasné, kde jindy by podezřelí měli být zadržováni. [celá zpráva]
Procesy s podezřelými z terorismu, kteří jsou na Guantánamu, chce do budoucna americká vláda vést jak před civilními, tak před vojenskými soudy.