Smrt Allenda, kterého po vojenském převratu ve vedení státu nahradil generál Augusto Pinochet, nebyla nikdy předmětem vyšetřování. Všeobecně se věřilo, že Allende spáchal sebevraždu.

Chilské úřady v roce 1991 oznámily, že za léta Pinochetovy vlády bylo v zemi zavražděno 3797 lidí. Většina těchto případů byla vyšetřena, na 600 důstojníků chilské armády a několik provinilců z řad civilistů bylo postaveno před soud. Kolem 150 z nich bylo odsouzeno, včetně bývalého šéfa tajné policie Miguela Contrerase. Přes 700 úmrtí ale zůstalo bez vysvětlení, což platí i o smrti Salvadora Allenda.

Neprozkoumaná úmrtí bude vyšetřovat soudkyně odvolacího soudu v Santiagu Beatriz Pedralsová. Práci, která před ní stojí, označila "za víc než důležitou a mimořádně odpovědnou".

Zemřel ve své pracovně

Allende se v září 1973 s malou skupinou svých stoupenců a ochránců snažil vzepřít útoku na prezidentský palác La Moneda, ale odvrátit útok se mu nepodařilo. Prezident se rozhodl se svými druhy bombardovaný palác opustit, nicméně sám se nakonec do své pracovny vrátil.

Podle převažujícího názoru tam místo zajetí zvolil smrt výstřelem z pušky, kterou mu věnoval Fidel Castro. Objevily se ale i verze, podle nichž Allendeho zastřelili vojáci věrní vzbouřencům.