Záznamy byly zničeny v roce 2005, americké ministerstvo spravedlnosti ale začalo aféru šetřit až v lednu 2008. Vyšetřovací komise, na jejíž práci se podíleli i agenti Federálního úřadu pro vyšetřování (FBI) ale nenalezla dostatek důkazů, které by umožnily nějakého pracovníka CIA trestně stíhat. Podle AP ale komise ještě zjišťuje, zda pracovníci CIA nepoužili při výsleších metody, které byly za hranicí povoleného.

CIA v prosinci 2007 přiznala, že v roce 2002 natáčela obrazové záznamy výslechů, při nichž používala kontroverzní vyšetřovací metody. Jednou z nich byl i waterboarding, který ve vyslýchaném vyvolává dojem, že se topí. Nahrávky ale byly po třech letech zničeny.

Bývalý šéf CIA Michael Hayden tvrdil, že záznamy byly zničeny kvůli bezpečnosti vyslýchajících agentů. Totéž tvrdil i Rodriguezův obhájce Robert Bennet. Právník komisi řekl, že Rodriguez byl "americký hrdina, skutečný vlastenec, který chránil svůj národ a svou zem".

Ochránci lidských práv ale vysvětlení o ochraně agentů CIA odmítají. Podle nich se CIA zničením záznamů snažila utajit praktiky, které jsou srovnatelné s mučením.