Vzápětí bylo oznámeno, že McChrystala nahradí jeho vzor, tvůrce úspěšné americké bojové strategie v Iráku a současný velitel amerických sil na Blízkém východě a ve střední Asii David Petraeus.

Obama uvedl, že McChrystal nekončí ve funkci kvůli rozdílným názorům na vedení konfliktu, ani kvůli tomu, že by jej urazil, ale kvůli tomu, že porušil vojenské zásady chování. "Chování projevené v nedávno zveřejněném článku nesplňuje standardy, jimiž by se měl řídit velící generál. Podkopává civilní kontrolu armády, jež je zakotvena v jádru našeho demokratického systému," řekl prezident.

Setkání McChrystala s Obamou, jemuž měl své výroky objasnit, trvalo půl hodiny, uvedla BBC. McChrystal uvedl, že rezignoval, aby uspěla mise v Afghánistánu.

Rozhovor pro Rolling Stone má vyjít v pátek. McChrystal v něm kritizoval americké diplomaty a úředníky z Obamovy vlády i samotného prezidenta. Například na adresu viceprezidenta Joea Bidena řekl: "Ptáte se mě na viceprezidenta Bidena? Kdo to je?"

Kromě toho si stěžoval na pravidla vedení boje, která americké vojáky v Afghánistánu limitují. Za svá slova se omluvil s tím, že byla nerozvážná. [celá zpráva]

Mluvčí Bílého domu Robert Gibbs v úterý uvedl, že McChrystal udělal chybu. Dodal, že prezident chce nicméně s generálem hovořit osobně, než učiní nějaké rozhodnutí. Podle neoficiálních zpráv chování autora nové strategie USA a NATO v Afghánistánu Obamu  rozlítilo. McChrystal byl v úterý povolán do Washingtonu „na kobereček“.

Za generálovo setrvání ve funkci se postavil afghánský prezident Hámid Karzáí. Šedesát procent čtenářů serveru CNN v anketě odpovědělo, že by McChrystal neměl být odvolán.