Thomas byl mimo jiné obviněn ze sexuálního napadení, vydírání a sodomie. Před soudem proti němu podalo svědectví několik bývalých a současných vězňů.

Thomas na svůj post soudce kvůli podezřením ze sexuálního zneužívání vězňů rezignoval v roce 2007. Jeho obhajoba tvrdila, že se stal obětí konspirace trestanců, kteří se snažili zmanipulovat soudní systém.

Podle soudních dokumentů někteří vězni tvrdili, že byli odváděni na schůzky s Thomasem v jeho autě či kanceláři. Během těchto setkání byli prý sexuálně zneužíváni. [celá zpráva]

Někteří z vězňů z těchto případů se s Thomasem setkávali v jeho autě nebo v jeho soukromé kanceláři. Tam si museli stáhnout spodní prádlo a on je pak bil dřevěným pravítkem. Poté po nich vyžadoval orální nebo anální sex. Po návratu měli podlitiny. Návštěvy potvrdily také testy DNA.

Jeho obhájce Robert Clark tvrdil, že všechna obvinění byla od prolhaných těžkých zločinců, kteří mu snažili zničit kariéru a měli vztek, že jim dost nepomohl.

Demokrat Herman Thomas byl prvním federálním černošským soudcem v Alabamě. Uspěl i u voličů v oblasti, která byla tradičně republikánská. Svůj post opustil v roce 2007, když se objevila první obvinění, že v kanceláři bil pravítkem vězně, jimž napřed stáhl kalhoty. Čelil tehdy obvinění z porušení etického kodexu. Na jaře se ale objevila mnohem vážnější obvinění z únosu a vynuceného análního styku.