Kvůli svým výrokům, popírajícím rozsah nacistického vyvražďování Židů byl Williamson funkce vedoucího semináře zbaven. Vláda zdůvodnila své rozhodnutí Williamsonovým formálním pochybením ohledně cíle pobytu v zemi i jeho prohlášeními o holokaustu.

Williamson prý zamlčel skutečný důvod svého pobytu v zemi, když řekl, že je zaměstnancem jedné nevládní skupiny, zatímco "jeho skutečná činnost" byla řízení semináře. Ve vládním komuniké se však také poukazuje na Williamsonova "antisemitská prohlášení, ve kterých zpochybnil, že židovský národ byl obětí holokaustu".

"Taková prohlášení, pokoušející se popřít ověřenou dějinnou pravdu, hluboce zraňují argentinskou společnost, židovský národ a celé lidstvo," uvádí se v dokumentu.

Williamson v lednu v interview pro švédskou televizi popřel existenci plynových komor v koncentračních táborech a rozsah holokaustu. Právě v té době zrušil papež Benedikt XVI. rozhodnutí svého předchůdce Jana Pavla II. vyobcovat jeho a další tři tradicionalistické biskupy z církve.

I když papežovo rozhodnutí s Williamsonovým postojem k holokaustu nijak nesouviselo a i když pak papež potvrdil své rozhodné odsouzení holokaustu, stal se Vatikán kvůli Williamsonově rehabilitaci terčem rozsáhlé kritiky.