Plán protiraketové obrany má chránit USA a jejich spojence před případným útokem nepřátelských států. Rusko s ním zásadně nesouhlasí. Flournoyová odpovídala senátnímu brannému výboru, který rozhoduje o její nominaci.

Předseda výboru demokrat Carl Levin se ptal, zda si Flournoyová myslí, že je třeba plán protiraketové obrany revidovat "v širším bezpečnostním evropském kontextu, který zahrne také vztahy USA k Rusku". "Ano, myslím si to, je to důležité téma nadcházející QDR," odpověděla Flournoyová. QDR je zkratka pro hodnocení bezpečnostní politiky, které se v USA koná každé čtyři roky a jehož další termín připadá na letošek.

Podle Flournoyové je v zájmu USA dohodnout se na raketové obraně s Ruskem. "Abychom získali konečné obrysy tohoto přístupu, je třeba konzultací vlády s Kongresem," sdělila Flournoyová.

Administrativa prezidenta George Bushe počítá s postavením amerického radaru v Česku a rozmístěním desítky protiraketových střel v Polsku. Systém by měl být uveden do provozu mezi lety 2011 až 2013. Obama prozatím říkal, že protiraketovou obranu v zásadě podporuje, ale že musí být efektivní.

Bushovy nabídky ke spolupráci Moskva odmítla. Protiraketový systém má podporu také nynějšího i budoucího ministra obrany Roberta Gatese. Kritici tvrdí, že je systém příliš nákladný a že jeho technologie není dostatečně vyzkoušená.