Proces v případu napomáhání teroristům trval tři měsíce, přičemž čtení rozsudku zabralo týden. Spolu s Padillou skončili u soudu také dva jeho společníci, 45letý Libanonec Adham Amin Hasún a 46letý Jordánec Kifah Wael Jayyousi. Všem třem původně hrozilo doživotí.

Padilla byl označen za člena buňky, která poskytovala peníze, materiál a bojovníky pro válku v Afghánistánu, Čečensku, Bosně, Tádžikistánu a v dalších zemích, a ze spiknutí s cílem zabíjet, unášet a mrzačit lidi v těchto státech. Hlavním důkazem proti němu byl údajný evidenční formulář muslimských bojovníků.

Podle prokuratury vyplnil Padilla v roce 2000 s úmyslem odcestovat do výcvikového tábora al-Kajdá v Afghánistánu. Na formuláři byly otisky Padillových prstů a také další identifikační znaky, jako datum narození či schopnost komunikovat ve španělštině, angličtině a arabštině.

Padillovi obhájci ale tvrdili, že formulář není dost průkazný a popřeli, že by Padilla byl rekrutem teroristů.

Podle nich cestoval v roce 1998 do Egypta, aby hlouběji studoval islám a naučil se plynně arabsky. „Jeho záměrem bylo studovat, ne vraždit,“ tvrdil obhájce.

Od podezření z radioaktivního útoku upuštěno

Šestatřicetiletý Padilla, jenž konvertoval k islámu, byl zadržen v květnu 2002 na chicagském mezinárodním letišti po návratu z Pákistánu pro podezření, že chce v Chicagu odpálit tzv. špinavou bombu. V té klasická trhavina rozptýlí do vzduchu radioaktivní částice, například uranu, a zamoří široké okolí.

Od podezření bylo později upuštěno.