Boltona jmenoval v srpnu 2005 prezident George Bush navzdory hlasům, že to není vhodná volba. Odmítali jej nejen opoziční demokraté, ale i několik republikánů. Bush proto v roce 2005 obešel nutnost schválení velvyslance v Senátu a jmenoval jej dočasně v době senátních prázdnin. Bolton byl  známý upřednostňováním vojenské síly USA a despektem k OSN i mezinárodnímu právu.

Dočasné jmenování vyprší Boltonovi v lednu 2007. Bílý dům proto navrhl Boltonovo jmenování znovu. Když ale ve volbách demokraté získali kontrolu nad Kongresem, prohlásil šéf zahraničního výboru, demokratický senátor Joe Biden, že v "novém posuzování nominace pana Boltona nevidí smysl".

Bush z Boltonovy rezignace neměl radost: "Nejsem z toho šťastný. Myslím si, že si zasloužil být potvrzen. Protože udělal pro zemi skvělou práci."

Boltonovi Bush v Bílém domě řekl: "Budeme tě postrádat, byl jsi odvážný obhájce svobody a míru."

Bolton je druhý z blízkých Bushových spolupracovníků, který musel odejít po porážce republikánů v listopadových volbách do Kongresu. Prvním byl ministr obrany Donald Rumsfeld. [celá zpráva]