Šešelj byl obviněn z toho, že podněcoval k vraždě Djindjiče dva hlavní atentátníky - Milorada Lukoviče, zvaného Legija (legionář), a Dušana Spasojeviče, známého jako Šiptar. Zatímco Spasojeviče policie zabila při pokusu o zadržení 27. března v Bělehradě, Lukovič je na útěku.

Podle Mihajloviče vytvořil Šešelj spolu s mafiánskou skupinou zvanou zemunský klan a se členy speciální jednotky srbských tajných služeb koncem roku 2002 organizaci, jejímž cílem bylo převzít teroristickými prostředky moc v zemi.

Velitel zvláštní jednotky 

Zvláštní jednotce známé jako červené barety Šešelj po několik let osobně velel. Po atentátu byla rozpuštěna a třicet jejích členů bylo zadrženo. Mihajlovič řekl, že byla obviněna z několika vražd, včetně vraždy Djindjiče. Chtěla prý využít chaosu, který by vznikl po Djindjičově smrti a dalších plánovaných atentátech, k tomu, aby se zmocnila moci.

Šešelj se krátce před atentátem na Djindjiče vydal mezinárodnímu soudnímu tribunálu pro zločiny v bývalé Jugoslávii (ICTY) v Haagu.

Mezi obviněnými jsou i dva spolupracovníci bývalého jugoslávského prezidenta Vojislava Koštunici - poradce pro bezpečnost Rade Bulatovič a generál Aco Tomič, bývalý šéf vojenské rozvědky. Oba jsou podezřelí z toho, že slíbili Djindjičovým vrahům, že proti nim armáda po atentátu nezasáhne.

Djindjič byl zavražděn 12. března před budovou vlády v Bělehradě. Po atentátu vláda vyhlásila v zemi výjimečný stav, jenž umožnil policii osvětlit i řadu dalších zločinů, mezi nimi únos a vraždu bývalého srbského prezidenta Ivana Stamboliče. Vyšetřování prokázalo vazby mezi mafiánskými skupinami a některými státními strukturami.