O vině Bouyeriho nebylo pochyb, potvrzovaly ji stopy včetně analýzy DNA a vrah se přiznal, že Thea Van Gogha 2. listopadu 2004 na amsterdamské ulici postřelil a podřezal. Byl rovněž obviněn ze snahy zabít Van Goghovu somálskou spolupracovnici Ayaan Hirsi Ali, která k filmu o postavení muslimských žen napsala scénář. Bouyeri byl rovněž obviněn z pokusu o vraždu svědků a policistů.

Bouyeri byl islámský fanatik, které byl fascinován násilím radikálů. Často navštěvoval jejich internetové stránky. Uvedl, že by svůj čin zopakoval. Obviněný pro sebe žádal trest smrti, chtěl se stát mučedníkem.

Van Gogh o postavení muslimských žen

Van Gogh natočil dokumentární film Submission o postavení žen v islámu, který mnohé ortodoxní muslimy pobouřil. Vražda režiséra vyvolala sérii útoků na mešity. Muslimové v odvetu zaútočili na kostely. Policie drží ve vazbě řadu muslimských radikálů, kteří  tvrdí, že jsou na Bouyeriho navázáni.