Součástí diskuse o reformě terciálního vzdělávání, tedy vzdělávání poskytovaného vysokými a vyššími odbornými školami, jsou mimo jiné právě reformní návrhy vypracované na půdě Univerzity Karlovy.

MŠMT zejména kladně hodnotí skutečnost, že se tři z pěti návrhů UK v podstatě kryjí s návrhy vypracovanými experty MŠMT, se kterými byla veřejnost seznámena v Bílé knize terciárního vzdělávání a konceptu Návrhu věcného záměru zákona o terciárním vzdělávání. Jedná se o následující návrhy:

  • změna systému akreditací založená na akreditacích šířeji pojatých vzdělávacích oblastí,
  • princip střednědobého financování veřejných vysokých škol pomocí uzavírání kontraktů,
  • finanční participace studentů na studiu.

V návrhu UK MŠMT naopak kritizuje malý důraz na funkční zodpovědnost škol za výsledky, nedostatečné akcentování problematiky spojené s neuniverzitními segmenty terciárního vzdělávání a především snahu UK zavést finanční spoluúčast studentů (školné) formou „zápisného" bez jakékoli vazby na systém finanční pomoci studentům. Dle MŠMT je totiž nutné, aby reforma financování vysokých škol probíhala v souvislosti se zaváděním účinného systému finanční pomoci studentům.

Na druhou polovinu roku 2009 MŠMT plánuje odborné debaty s námětem výsledků analýzy reformních návrhů UK, kterou v současné době provádějí odborníci Ministerstva. Výsledky této analýzy budou zohledněny v následujících fázích reformy.