Málek působí v Pardubicích na Katedře fyzikální chemie Fakulty chemicko-technologické. Předmětem jeho odborného zájmu jsou kinetické jevy v nekrystalických materiálech a podchlazených kapalinách. Je členem Inženýrské akademie a členem Vědecké rady Grantové agentury a zároveň je členem několika zahraničních odborných společností, vědeckých rad a dalších organizací. Pracuje také jako recenzent pro několik zahraničních odborných časopisů. Českou republiku zastupuje v Mezinárodní konfederaci pro termickou analýzu a kalorimetrii.

Od roku 2000 působil 6 let jako prorektor pro vědu a vnější vztahy, v letech 2006 – 2010 stál v čele Univerzity Pardubice jako její rektor. V době, kdy zastával funkci rektora, byl zároveň místopředsedou České konference rektorů a členem Rady vlády pro výzkum, vývoj a inovace.