Institutu postgraduálního vzdělávání ve zdravotnictví jako přímo řízená organizace ministerstva zdravotnictví zabezpečoval specializační vzdělávání lékařů a zubních lékařů, i dalších nelékařských profesí.

Podpisem Veřejnoprávní smlouvy mezi Ministerstvem zdravotnictví ČR a Univerzitou Karlovou v Praze, Masarykovou univerzitou v Brně a Palackého univerzitou v Olomouci dne 27. září 2011 se stává sedm lékařských fakult uvedených univerzit pověřenými organizacemi ministerstva zdravotnictví pro zajišťování specializačního vzdělávání lékařů a zubních lékařů.

Na základě uvedené smlouvy budou lékařské fakulty prostřednictvím svých kvalifikovaných odborníků a jejich pracovišť zajišťovat většinu činností, které souvisejí se specializačním vzděláváním lékařů v 39 základních lékařských oborech a třech specializačních oborech zubních lékařů. Specializační vzdělávání lékařů v oborech všeobecného praktického lékařství a praktického lékařství pro děti a dospělé a v nástavbových lékařských specializacích zůstává i nadále v IPVZ, stejně tak i specializační vzdělávání farmaceutů a vybraných nelékařských profesí.

Pro zajištění koordinace a spolupráce mezi garanty specializačního vzdělávání na lékařských fakultách v oblasti organizace vzdělávacích akcí, atestačních zkoušek a dalších činností jsou již vytvořeny struktury řízení, jimiž je jednak Koordinační rada pro specializační vzdělávání (KOR), jednak je to 42 Specializačních oborových rad pro specializační vzdělávání (SOR). Pro první funkční období byl zvolen předsedou Aleš Linhart.