Ve funkci vystřídal dosavadního rektora Ladislava Jirků. Ten vyměnil akademické prostředí za vrcholnou politiku. Jako rektor už znovu nekandidoval, místo toho se na kandidátce TOP 09 ocitl v Poslanecké sněmovně Parlamentu ČR.

Volby kandidáta na rektora proběhly koncem loňského roku a Novotný byl několikanásobně navržen zástupci akademické obce jako jediný kandidát. Ve volbách jej členové Akademického senátu VŠPJ podpořili výraznou většinou.

Ing. Jakub Novotný, Ph.D získal inženýrský titul na podnikohospodářské fakultě VŠE, doktorská studia ukončil na fakultě informatiky a statistiky. Od roku 2005 působil na VŠPJ jako akademický pracovník. Ve své odborné pedagogické, výzkumné a publikační činnosti se zaměřuje na informační management a projektové řízení. V letech 2005 – 2008 byl rovněž prvním předsedou Akademického senátu školy.

Vysoká škola polytechnická Jihlava je první veřejnou neuniverzitní vysokou školou a jedinou veřejnou vysokou školou se sídlem v kraji Vysočina. Byla zřízena v roce 2004 a v současné době na ní studuje přes 2500 studentů v šesti bakalářských studijních oborech (Finance a řízení, Cestovních ruch, Počítačové systémy, Aplikovaná informatika, Porodní asistentka a Všeobecná sestra).