Bechyně byla za humny Táboru a husité a kostely, to nešlo dohromady. Když oblehli město, se svatostánkem si to vyřídili v první řadě. Poprvé v roce 1426, o dva roky později dílo zkázy dokončili. 

Původně vlastnili klášter minorité, poté ho převzali františkáni, právě ti narazili na husity, nebo obráceně. S povolením krále Vladislava Jagellonského a papeže Inocence VIII. sem byli opět uvedeni františkáni (tento řád zde zůstal až do roku 1950). Několik desítek let tu stály ruiny, poté se v roce 1491 začal budovat nový kostel i s klášterem.

Další zkázu přinesla třicetiletá válka, v roce 1619 zde řádili Švédové. Tou dobou prý došlo v kostele k několika zázrakům, jsou zde vyobrazeny, z kostela se stalo poutní místo. Po válkách se město vzpamatovalo a pozvolna se opět rozvíjelo. Zdejší lázně i keramická škola mají mezi klientelou dobré jméno. Je zde také muzeum turistiky.

Dohady o Škrétovi

Kostel  má nádherný interiér. Nejzajímavější je sklípkový strop, jedinečný v českých zemích, jezdí se na něj dívat milovníci architektury z celé Evropy.

Když vejdete do kostela, překvapí vás jeho výzdoba. Klenbu podepírají tři polygonální pilíře, oltář pochází z roku 1780. Na stěnách jsou náhrobní desky  Ladislava a Jana ze Šternberka, jeho manželky Johany Švihovské z Riesenburku a Kryštofa ze Švamberka. 

Pět bočních oltářů, dva z jejich obrazů, sv. Františka z Assisi a sv. Antonína Paduánského, byly připisovány Karlu Škrétovi, ale je to asi některý z jeho žáků. Také zde uvidíte kopii sošky Pražského jezulátka. V podzemí se nachází několik Paarovských hrobek.  

V klášteře v sídlí základní umělecká škola, jejíž pedagogové založili v 90. letech občanské sdružení Klášter. Pořádají  divadla, koncerty, výstavy apod. Prohlídky interiérů kláštera a kostela zajišťuje bechyňské informační centrum.

Když na výlet, tak s turistickou navigací Mapy.cz. Aplikace je zdarma a funguje i bez signálu.