Působení Albrechta v čele filharmonie provázely problémy v komunikaci s orchestrem a dirigent odcházel z Prahy za mimořádné pozornosti médií a s pověstí kontroverzní osoby. Jeho činnost v čele orchestru hudebníky v devadesátých letech rozdělila na dva tábory.

Albrecht v minulosti vedl orchestry a operní domy v Německu, hostoval ve Vídni, Nizozemsku, Londýně či San Francisku. Od mládí se orientoval na dirigování, které studoval v Hamburku. Již v roce 1961 se stal šéfdirigentem v Mohuči. Dále šéfoval Německé opeře v Berlíně a řídil většinu předních světových orchestrů. Mimo jiné proslul jako interpret méně uváděné české hudby i pozapomenuté tvorby židovských skladatelů z českých zemí.

Spor s Havlem

S Českou filharmonii se nerozešel v dobrém, když v roce 1996 končil, tvrdil, že musel Prahu jako Němec opustit z politických důvodů. V německém tisku se tehdy podle něj psalo, že český orchestr „vyhnal” německého dirigenta. Výbor Odborového klubu České filharmonie tehdy ve stanovisku zaslaném ČTK uvedl, že Gerd Albrecht jako nejvyšší umělecký zástupce ČF svými výroky již dlouhou dobu poškozuje její dobrou pověst. Výbor tehdy zastupoval údajně kolem 50 ze 117 filharmoniků. Albrechtovi kritici mu v polovině 90. let vyčítali, že své umělecké a lidské nedostatky přenáší do politické roviny.

„Chtěl jsem dělat tu nejlepší práci s Českou filharmonií a snažil jsem se ignorovat ty, kdo byli proti mně,” zhodnotil dirigent svůj pohled na tři roky ve funkci. Do sporu se Albrecht dostal v roce 1997 i s exprezidentem Václavem Havlem kvůli připravovanému koncertu Verdiho Requiem v terezínském ghettu. Albrecht v listu Frankfurter Allgemeine Zeitung vyjádřil v souvislosti s přípravou koncertu zklamání nad postojem Václava Havla, který podle něho na žádost o záštitu nad projektem vůbec neodpověděl. Podle mluvčího prezidenta Havla Ladislava Špačka pro svůj projekt Havlovu záštitu získal v nejkratším možném termínu. K České filharmonii se Albrecht pohostinsky vrátil v únoru 2004.