Jan Kratochvíl se narodil v roce 1940 v Černošicích u Prahy. Vystudoval FAMU a působil jako pomocný režisér a asistent režie na Barrandově. Od roku 1970 byl na volné noze.

Byl externím režisérem Československé televize, režíroval koncerty hudebních skupin a divadelní představení. Od roku 1991 byl zaměstnancem Československé, později České televize, kde pracoval jakožto producent a dramaturg. V sedmdesátých letech vystupoval se Ctiborem Turbou v Cirkuse Alfred. Působil také jako umělecký vedoucí Revue Alhambra nebo coby režisér na Divadelních poutích, uvedla ČT.

S Pavlem Andělem připravoval pro ČT2 populární Noc s Andělem a díky němu se na české obrazovky dostala britská skupina Monty Python.