V roce 2011 se stal prvním evropským archeologem, který obdržel cenu Europa Nostra. Ocenění je v odborných kruzích označováno jako Oscar ochrany evropského kulturního dědictví.

Po celou svou aktivní kariéru Durdík pracoval v Archeologickém ústavu Akademie věd. Přednášel na Fakultě architektury Českého vysokého učení technického, Filozofické fakultě Univerzity Karlovy a také na Západočeské univerzitě v Plzni, kde od července 2012 vedl katedru archeologie.

Durdík byl členem mnoha vědeckých rad v Česku i v zahraničí, například členem vědecké rady Národního památkového ústavu, předsedou Stálé komise ministerstva kultury pro hodnocení kulturních památek či předsedou Nezávislé památkové unie. Byl rovněž vedoucím redaktorem a předsedou redakční rady Časopisu Společnosti přátel starožitností.

Kromě odborných knih a článků byl autorem scénářů k televizním seriálům Hrady obývané i dobývané (1991) a Štíty království českého (2007).