Na vrcholu popularity vyměnil kytaru za úřednická lejstra, když koncem roku 1989 jako řada známých umělců vstoupil do politiky. Na rozdíl od svých kolegů v ní ale vydržel až do roku 1998. Od roku 2000 moderuje v České televizi televizní talk show Krásný ztráty.

"Nikdy jsem se neorientoval jenom na jednu činnost, i když hudba byla vždy ústřední motiv mého života," přiznává vystudovaný ekonom a kulturolog Prokop. Do politiky se vrhl v listopadu 1989 jako předseda stávkového výboru hudebníků a posléze se stal poslancem. Dva a půl roku byl náměstkem ministra kultury a poté opět poslancem. V letech 1998 až 2000 byl ředitelem společnosti Praha 2000 - Evropské město kultury. Od roku 2002 zasedal v Radě Českého rozhlasu, jíž od roku 2004 do února 2006 předsedal.

Jako zpěvák zazářil Michal Prokop v roce 1967 na 1. československém beatovém festivalu a poté se skupinou Framus Five natočil dvě alba: Blues In Soul (1968) s převzatým repertoárem a česky zpívané Město Er (1971) s titulní skladbou na text Josefa Kainara. Po rozpadu kapely se v 70. letech věnoval střednímu proudu a byl mj. členem divadla Semafor.

V roce 1978 obnovil skupinu jako Framus 5 a po hledání optimální sestavy i stylu nalezl dokonalé souznění s básníkem Pavlem Šrutem, skladatelem Petrem Skoumalem a hudebníky v čele s houslistou Janem Hrubým. Z tohoto období pochází tři skvělá alba Kolej Yesterday (1984), Nic ve zlým, nic v dobrým (1987) a Snad nám naše děti... (1989).

Na spolupráci s tímto tvůrčím týmem navázal Prokop v plné síle znovu až v roce 2006 s albem Poprvé naposledy, které ocenila kritika i fanoušci a jež se stalo podnětem k obnovení koncertní činnosti skupiny Framus Five.