Rudolfův majestát je dokumentem, kterým v roce 1609 udělil císař Rudolf II. plnou náboženskou svobodu českým reformačním církvím; nařízení platilo i pro poddané, což tehdy neplatilo v žádné jiné zemi. Listina je uložena v Národním archivu, vystavuje se jen výjimečně, naposledy při otevření nové budovy archivu v roce 1958.

Konferenci (In)tolerance v evropských dějinách pořádá Collegium Europaeum, společná výzkumná skupina Filozofické fakulty UK a Filosofického ústavu AV ČR spolu s úřadem vlády.

Kromě výročí spojeného s vydáním Rudolfova majestátu odkazují organizátoři konference i na 400 let, které letos uplynou od úmrtí rabiho Jehudy Löwa, jednoho z nejvýznamnějších židovských učenců. Na rok 2009 také připadá 500. výročí narození reformátora Jeana Calvina (Jana Kalvína), jehož teologický odkaz silně rezonoval i v prostředí v Čechách vzniklé Jednoty bratrské.