Huntingtona proslavil v roce 1996 článek Střet civilizací. Ve stejnojmenné knize pak do větší šíře rozpracoval tezi, že po skončení studené války se už příští mezinárodní konflikty nebudou odehrávat mezi ideologickými bloky, nýbrž mezi různými civilizačními okruhy, zejména mezi zeměmi Západu a islámu. Kniha byla přeložena do 39 jazyků světa, kromě souhlasu ale autor sklidil za své myšlenky také mnoho kritiky.

V roce 2004 vyvolal Huntington rozruch novou tezí, že hromadné přistěhovalectví Hispánců do USA ohrožuje národní jednotu Spojených států. Huntington se přitom nevyslovuje přímo proti tomuto jevu, varoval pouze, že USA by se měly důkladně zamyslet, zda se chtějí stát dvojjazyčnou zemí. Proměna v takovou zemi by nemusela nezbytně znamenat konec světa. Byl by to ale konec dosavadní Ameriky a Američané by vývoj neměli nechat bez povšimnutí, dokud nebudou přesvědčeni, že tento nový národ bude lepší než dosavadní, mínil Huntington.

V roce 2006 se v Praze zúčastnil pravidelné konference Forum 2000, iniciované a zaštiťované bývalým československým a českým prezidentem Václavem Havlem.