Hodnotící komise vybrala kontroverzní návrh Jana Kaplického, HŠH architekti skončili s budovou tvaru velkého kávového zrna pokrytou celistvým stříbrným pláštěm třetí. Po ÚOHS chtěli, aby zrušil rozhodnutí o vítězi soutěže a posunul jejich návrh na druhé místo.

"Veřejná soutěž o návrh není zahrnuta mezi druhy zadávacích řízení. Úřad tak nemá pravomoc k zasahování do průběhu soutěže o návrh," vysvětlil Chalupa. Kaplického futuristická budova v zelené barvě, které se přezdívá například chobotnice, budí rozličné dojmy. Postavili se proti ní někteří architekti a třeba i prezident Václav Klaus.

Architekti z ateliéru HŠH vidí problém zejména v tom, že vítězný návrh neodpovídá původním podmínkám. Knihovna původně požadovala, aby byla nejobjemnější část objektu, tedy sklad knih, nad zemí. Ateliér Future Systems Jana Kaplického jej má pod ní, což mu umožnilo zmenšit hmotu nadzemní části budovy. Knihovna tvrdí, že stanovy soutěže umožňují po prvním kole podmínky upravit.

Znění pravidel Mezinárodní unie architektů (UIA), jimiž se soutěž řídila, říká, že v případě potřeby může porota v závěru prvního kola vyjasnit nebo zdůraznit některé body zadání. Podle zástupců HŠH je tak nepřípustné podmínky upravit, nebo dokonce změnit. Proti údajnému porušení podmínek soutěže protestovalo u České komory architektů i dalších sedm českých ateliérů.