Mlynář byl původně stíhán jako ministr informatiky pro zneužívání informací v obchodním styku a zneužívání pravomoci veřejného činitele kvůli založení společnosti Testcom servis spolu s ředitelem výzkumného ústavu Testcom a někdejším šéfem ČT Dušanem Chmelíčkem a dalším zaměstnancem Testcomu Vítem Novotným. Chmelíček je navíc stíhán za porušování povinnosti při správě cizího majetku, stejné obvinění si vyslechl i Novotný.

"Vzhledem ke způsobu, jakým jsem byl ještě jako ministr vlády obviněn, a podezřelým okolnostem, které od počátku moje obvinění provázejí, jsem něco takového očekával. Fakt, že jsem se já, ani moji spolupracovníci, žádného protizákonného jednání na ministerstvu informatiky nedopustili, prokážu před soudem," komentoval Mlynář rozhodnutí vrchního státního zastupitelství.

Na založení Testcom servisu s.r.o. vyčlenil Testcom 7,5 miliónu korun. Příspěvkové organizace ministerstev ovšem podle zákona nesmějí soukromé společnosti s ručením omezeným zakládat ani financovat. V únoru 2004 se Mlynář na požadavek ministerstva  financí rozhodl Testcom servis zrušit. Ministerstvo financí se domnívalo, že tato firma nebyla založena v souladu se zákonem. 

Podle Mlynáře byl názor jeho ministerstva opačný, ale ustoupil, aby nemusel jít proti ministerstvu financí do soudního sporu. Trvá však na tom, že Testcom servis byl založen s odkazem na právní výklad, který krajský obchodní soud uznal. Testcom servis s.r.o. podle Mlynáře nikdy nebyla soukromou společností a byla vždy pod kontrolou a ve vlastnictví státu.

Trestní oznámení podali na Mlynáře bývalý zaměstnanec ministerstva informatiky Milan Novák a politik Aleš Moravec.