Superpočítač Watson Blue Gene tvoří 20 skříní o velikosti ledničky, podle IBM ale nedosahuje ani poloviny rozměrů srovnatelných konvenčních sestav.

Výkon systému bude využit v široké řadě oblastí od přírodních věd, hydrodynamiky, zkoumání materiálů, kvantové chemie, molekulární dynamiky a dynamiky tekutin až po podnikové simulace a výpočty. 

Jednou z prvních aplikací, které na něm budou zprovozněny, je Blue Matter. Program simuluje dynamiku bílkovin, získané výsledky se uplatní při vývoji léků. Přístup k systému Blue Gene dostanou také vybrané externí subjekty z řad akademických či průmyslových výzkumníků. 

Vývoj silnějšího počítače - Blue Gene/L, jehož vývoj od roku 2000 financuje americký Úřad pro jadernou bezpečnost, však stále pokračuje. Dokončen bude až v tomto roce, kdy má být složen ze 64 skříní, které budou obsahovat kolem 130 000 procesorů IBM PowerPC. Blue Gene/L s nimi ve špičce dosáhne početního výkonu v úrovni 360 teraflopů.