Kraje ale s takovým rozdělením daňových výnosů mezi stát a regiony nesouhlasí a požadují původně navrhovaných 17,3 procenta. Vyzývají parlament, aby vládní novelu nepřijal. Vlastní příjmy krajů by se tak podle novely měly zvýšit z nynějších zhruba 12 miliard o 27,7 miliardy korun, kraje však požadují růst o 54,4 miliardy. Hlavní spor je o peníze na střední školství. Kraje chtějí jimi zřizované školy financovat ze svých vlastních daňových příjmů, o nichž mohou samy rozhodovat, a ne z dotací ze státního rozpočtu. To však kabinet odmítl a MF na základě zadání vlády zpracovalo současný návrh novely, který krajům přiznává nižší než požadovaný podíl na daňových výnosech.

Kraje kritizují vládu za to, že nechává maximum financí na úrovni ministerstev pro činnosti, které již ze zákona vykonávají regiony. "V důsledku toho chátrá majetek převedený na kraje. Celá reforma veřejné správy tímto ztrácí svůj smysl," uvedla v nedávném prohlášení Asociace krajů, která sdružuje všech 14 regionů ČR. Vyzvala proto parlament, aby vládní novelu zákona nepřijal. Zástupci Asociace dnes zopakovali, že na svém stanovisku trvají. Nynější zákon o rozpočtovém určení daní přiděluje krajům 3,1 procenta z celostátního výnosu z daně z přidané hodnoty a daní z příjmu právnických a fyzických osob.

Daňové příjmy krajů dnes tvoří zhruba 20 procent jejich celkových příjmů, zbylých 80 procent regiony dostávají ve formě dotací. Navrhovaná novela zvyšuje podíl daňových příjmů krajů na jejich celkových příjmech na 40 procent. Pokud novela projde celým schvalovacím procesem, měla by v souladu s programovým prohlášením vlády nabýt účinnosti od roku 2004. Podle původních předpokladů měly mít kraje vyšší daňové příjmy již letos, kdy převzaly financování některých organizací po zaniklých okresních úřadech a některých zdravotnických zařízení. Do působnosti krajů přešlo k 1. lednu letošního roku kolem 600 organizací.