Problémy s čerpáním evropských peněz však podle MMR stále má program rozvoje lidských zdrojů. Neuspokojivé čerpání je také u jednoho programu pro Prahu, kde se zřejmě nabídnuté peníze vyčerpat nepodaří.

Naopak dobře připravené projekty má Společný regionální program, který je určen na rozvoj regionů. "Tento program nedá zpátky Evropské komisi ani korunu," řekl ministr MMR Radko Martínek. Peníze se nebudou vracet ani v případě programů zaměřených na rozvoj průmyslu a podnikání, infrastruktury a rozvoje venkova a multifunkčního zemědělství.

Čerpat ze strukturálních fondů EU může republika od svého vstupu do unie v květnu 2004. Celkem má z těchto fondů na období 2004 až 2006 k dispozici 1,584 miliardy eur (zhruba 45 miliard Kč).

V letech 2007 až 2013 bude republika moci z fondů EU získat kolem 100 miliard korun ročně. Vyjednávání o programech na toto období začne s Evropskou komisí zřejmě v září.