Ministerstvo financí dále mylně očekávalo v roce 2005 příjem prostředků ze strukturálních fondů a Fondu soudržnosti ve výši 11 miliard korun, avšak ČR získala ze strukturálních fondů pouze čtyři miliardy korun a z Fondu soudržnosti pouze 2,2 miliardy korun. Objem čerpání by tedy mohl být pochopitelně vyšší, velké množství projektů je ovšem ve fázi realizace.

Část celkových příjmů, která přijde ze strukturálních fondů a Fondu soudržnosti, bude muset ČR v budoucnu spolufinancovat. Mělo by přijít 90 miliard korun. Podmínky čerpání vyjednané dne 16. prosince 2005 na summitu v Bruselu jsou však z hlediska spolufinancování pro ČR mnohem výhodnější než podmínky platné v tomto období, neboť bude postačovat, aby z českých prostředků bylo vynaloženo pouhých 15 procent z celkových nákladů projektu na rozdíl od dosud platných 25 procent.

Prostředky z rozpočtu EU nejsou jen strukturální fondy a Fond soudržnosti, ale také prostředky na zemědělství, rozvoj venkova, podporu vzdělávání, kultury, vědy a výzkumu a další. I na projektech do těchto oblastí se musí ČR podílet svým spolufinancováním.