NKÚ také uvádí, že Česká školní inspekce nakládala s majetkem státu a finančními prostředky ze státního rozpočtu v letech 2002 až 2004 v některých případech nehospodárně.

Podle NKÚ například inspekce při zadávání veřejných zakázek nepostupovala vždy v souladu se zákonem. Kontroloři zjistili nedostatky také v evidenci majetku, účetnictví a v oblasti cestovních výdajů a náhrad.

Ministerstvo obrany neoprávněně nakládalo s byty

NKÚ také zjistil nedostatky ve Správě vojenského bytového fondu Praha, tento fond, který spadá pod ministerstvo obrany, převáděl nemovitosti, které nebyly zkolaudovány, pozemky, na které byly uplatněny restituční nároky a dokonce převáděl i cizí majetek.

Dalším proviněním ministerstva obrany bylo přidělení 179 nově pořízených bytů na dobu neurčitou vojákům z povolání a občanským zaměstnancům  a nezabezpečení situace, že pokud tito zaměstnanci resort obrany opustí, měli by se vystěhovat i z těchto bytů. Ke dni 31. 1. 2005 již 40 osob resort obrany opustilo, ale nadále užívají tyto byty, které jim ministerstvo obrany přidělilo.

Nedostatky i na ministerstvu kultury

Při kontrole ministerstva kultury bylo zjištěno, že při přidělování dotací jednotlivým krajům umožnilo použití poskytnutých finančních prostředků nejenom na odstranění škod způsobených na nemovitých památkách povodněmi, ale i na obnovu těch částí památek, které nebyly povodní přímo zasaženy, např. se z těchto prostředků opravovala střecha, nebo se opravovaly sluneční hodiny.

Provinila se také ostatní ministerstva

Nedostatky zjistil NKÚ také u ministerstva životního prostředí a u ministerstva průmyslu a obchodu  v plnění cíle Národního programu 2002 až 2005 v zavádění nových obnovitelných zdrojů energií, a to že podíl výroby elektřiny z obnovitelných zdrojů energií na hrubé spotřebě elektřiny ve výši 5,1 procenta nebude s vysokou mírou pravděpodobnosti splněn. Tím je ohroženo i splnění cíle dosáhnout do roku 2010 podílu výroby elektřiny z obnovitelných zdrojů na spotřebě elektřiny ve výši 8 % podle směrnice EU.

Ministerstvo zahraničních věcí pořídilo motorová vozidla v celkové hodnotě 23 460 000 korun bez písemné smlouvy, dále ministerstvo neprovádělo v souladu se zákonem o účetnictví inventarizaci majetku, dále ministerstvo nevedlo správné, úplné a průkazné účetnictví.

NKÚ zjistil také některá účetní pochybení ministerstva zdravotnictví při provádění rekonstrukce Fakultní nemocnice Motol.

Ministerstvo zemědělství mělo určité hospodářské nedostatky ve správě Podpůrného a garančního rolnického a lesnického fondu.