Peníze společnosti utratily vetšinou v rozporu s pravidly, buď za něco jiného, než nakonec vykázaly v účetnictví (což byl právě případ NBÚ), případně nejprve peníze z rozpočtu použily a teprve potom získaly povolení částku použít (což byl případ Akademie věd).

NBÚ podle kontrolního úřadu také nadhodnocoval své výdaje, aby z rozpočtu získal více peněz. "Lze konstatovat, že rozpočet NBÚ byl v položce běžných výdajů nadhodnocen v roce 2002 nejméně o 30 procent a v roce 2003 nejméně o 63 procent. (...) Rozpočet neodpovídal skutečným potřebám NBÚ, které by byly v oblasti běžných výdajů výrazně nižší, pokud by NBÚ respektoval zásady činnosti ústředních orgánů státní správy," tvrdí ve zprávě NBÚ.

Problémy mělo i ministerstvo financí, které podle NKÚ neuplatňovalo sankce vůči penzijním fondům za pozdní vrácení státních příspěvků, které byly vydány neoprávněně. Proti kritice se ministerstvo částečně ohradilo. NKÚ podle náměstka ministra financí Tomáše Prouzy odmítl vzít v úvahu argumenty, kterými ministerstvo své kroky vysvětlilo.

Státní úřady si často stěžují, že NKÚ v kontrolách postupuje striktně podle předpisů a nebere v úvahu faktické fungování institucí, které občas například musí peníze nejprve zaplatit a teprve dodatečně na to dostanou povolení.

Aquapark v Bublavě dosud nestojí

Malá obec Bublava na Sokolovsku se podle NKÚ také nechovala tak, jak ukládá zákon. Při stavbě aquaparku porušila tři zákony, o zadávání veřejných zakázek, pravidlech hospodaření s rozpočtovými prostředky a o účetnictví.

Když Bublava začala aquapark stavět, měla z rozpočtu jistých 17 miliónů korun. Stavbu zahájila, i když věděla, že ji přijde na asi 100 miliónů. Celkem Bublava dostala z rozpočtu už 57 miliónů a komplex stále ještě nestojí, nyní se tu navíc ani nestaví a projekt zkrachoval. Jeho iniciátory vyšetřuje policie.

"Záměr postavit v Bublavě aquapark přitom neodpovídal místním podmínkám. Obec nemá spolehlivý a dostačující zdroj vody ani vodovodní řad," tvrdí NKÚ.