Při kontrole období od roku 2009 se kontroloři soustředili především na elektrizaci železničních tratí, uvedla mluvčí NKÚ Olga Málková.

Česko může z EU na modernizaci železnic v tomto dotačním období čerpat v Operačním programu Doprava 393,5 miliónu eur (asi 10,8 miliardy Kč), ke konci předloňska přitom byla příjemcům proplacena včetně záloh asi třetina této částky a u Evropské komise schválena jen zhruba desetina, konkrétně 40,6 miliónu eur.

Podle NKÚ tak hrozí, že ČR nestihne do konce programového období dotace na modernizaci železnic vyčerpat.

"Ministerstvo dopravy tento trend kontrolorům vysvětlilo jen obecně, když argumentovalo zdržením v přípravě velkých projektů," uvedl NKÚ.

Ministerstvo dopravy si protiřečilo 

Údajné netransparentní rozhodování ministerstva dopravy o přípravě a výstavbě projektů se podle NKÚ projevovalo třeba v tom, že ministerstvo někdy nejdřív samo zpochybnilo věrohodnost dokladů od SŽDC, avšak později na základě totožných dokladů stavební akci schválilo.

NKÚ také upozornil, že během rozhodování o přípravě a výstavbě projektů se měnily jejich finanční a časové parametry, aniž by ministerstvo nebo SŽDC vyhodnotily příčiny a dopady těchto změn.

"Použitý systém indikátorů a údajů ve výroční zprávě Operačního programu Doprava není věrohodným podkladem pro objektivní vyhodnocení účelnosti a efektivnosti podpory poskytované z fondů EU," tvrdí NKÚ.

Změny ve smlouvě o dílo nebyly smluvně ošetřeny

Kontroloři také zjistili, že některé změny v předmětu a rozsahu díla provedli dodavatelé jen na základě pokynů správce stavby, aniž by na tyto změny uzavřeli dodatky ke smlouvám o dílo.

Například při elektrizaci trati Zábřeh-Šumperk proplatila SŽDC jen na základě pokynů správce stavby, tedy bez platných smluv, práce za 15,7 miliónu korun.

"Zadáváním dodatečných stavebních prací v jednotném řízení bez uveřejnění až po jejich provedení SŽDC pouze formálně naplnila příslušné ustanovení zákona o veřejných zakázkách," uvedl NKÚ.

Kontrolní úřad také upozornil, že podle znění některých smluv o dílo byly rezervní položky chápány jako součást celkových smluvních cen díla, aniž by smlouvy stanovily způsob a podmínky jejich čerpání.