Samostatné ČD Cargo vzniká především kvůli zprůhlednění financování Českých drah. Dosud bylo často kritizováno křížové financování ztrátové osobní dopravy ze zisků nákladní dopravy. Ročně to dělá více než 600 miliónů korun. Rozdělení Českých drah do dvou samostatných subjektů je nevětší změnou struktury firmy od vzniku akciové společnosti v roce 2003. Do nové firmy přejde 13 000 z celkových 57 000 zaměstnanců drah.

Ačkoli je nákladní doprava ČD co do velikosti pátá v Evropě, jako jedna z posledních v Evropě dosud nefunguje samostatně. Zisk nákladní dopravy za loňský rok byl 1,5 miliardy korun. Ministr dopravy Aleš Řebíček již dříve uvedl, že by bylo nejlepší prodat pouze menšinový podíl. Stát by mohl na prodeji vydělat až 12 miliard korun.

Provozování kolejových cest převezme SŽDC

Další významnou organizační změnou, která Česká dráhy čeká od 1. ledna je převedení činností spojených s provozováním kolejových cest, například údržba tratí, trakčního vedení nebo zabezpečovacích zařízení, na státní organizaci Správa železniční dopravní cesty (SŽDC).

Kromě toho bude SŽDC i nově sestavovat a vydávat jízdní řád platný pro českou železnici. Podle ministerstva dopravy tak budou lépe zajištěny rovné podmínky pro konkurenční prostředí na železnici.

Organizace převezme v souvislosti se změnami od Českých drah i 10 000 zaměstnanců. V mateřské společnosti by tak mělo zůstat po všech změnách zhruba 31 000 zaměstnanců.