"Nevezmu-li to, dostanou to lumpové, vezmu-li to, oprátka mne nemine," řekl svému příteli generál Alois Eliáš, když se rozhodoval, zda přijme funkci předsedy protektorátní vlády. S vědomím všech pro a proti na nabídku kývl. Jeho prorocká slova se naplnila: skončil na popravišti. Po únoru 1948 ho komunisté paradoxně obviňovali z kolaborace s okupanty.

Do čela protektorátní vlády navrhli Eliáše prezidentu Emilu Háchovi jeho blízcí spolupracovníci a vedoucí politici druhé republiky. Eliáš váhal, zda má nabízenou funkci přijmout. Zvažoval rizika i výhody. Uvědomoval si absurditu situace, kdy by měl jako vlastenec vést vládu podřízenou a ve svých důsledcích sloužící okupantovi. Věděl, že bude muset navenek vystupovat loajálně. Přijetí tak znamenalo velké riziko zatracení z řad vlastního národa. Na druhé straně mohl hájit české národní zájmy, prostě "zachránit, co se dá, zabránit nejhoršímu".

Spolupracoval s odbojem

Nakonec přijal a do čela vlády se postavil. Úlohu premiéra převzal 27. dubna 1939, tedy po více než měsíční existenci protektorátu Čechy a Morava. Současně až do konce června 1939 působil jako ministr vnitra.

Vynucené ústupky vždy poměřoval prospěchem národa. Věděl, že zásadní změnu může přinést pouze vítězství protinacistické koalice. Proto od počátku úzce spolupracoval s domácím odbojem (zejména s organizací Obrana národa) a udržoval kontakty s centrem československého zahraničního odboje v Londýně.

Po příchodu nového představitele okupační moci Reinharda Heydricha do Prahy byl Eliáš na podzim 1941 zatčen a odsouzen za "velezradu a vyzvědačství" k trestu smrti. Výkon rozsudku byl sice odložen, ale počátek léta následujícího roku, poznamenaný brutalitou nacistů po atentátu na Heydricha, smetl všechny naděje. V necelých dvaapadesáti letech ukončila jeho život salva popravčí čety na vojenské střelnici v Praze-Kobylisích 16. června 1942.