Stavební závady byly zjištěny ve stanicích metra Florenc, Invalidovna, Náměstí republiky a Můstek. Nepodařilo se však zjistit, kteří pracovníci se v sedmdesátých letech na výstavbě těchto stanic podíleli. Stavební práce byly tehdy podle policejního usnesení provedeny v rozporu s projektovou dokumentací.

Sporná role bývalého primátora Němce

Za zatopení metra byl podle některých odpovědný tehdejší pražský primátor Igor Němec (ODS), jenž těsně před zatopením metra relativizoval možnost jeho zničení a naopak nabádal Pražany ke klidu. Podle předsedy Evropských demokratů (ED) Jana Kasla je "Němec za zatopení metra politicky odpovědný".

Předseda pražské povodňové komise a krizového štábu primátor Igor Němec podle kritiků nevyužil svých pravomocí k včasné regulaci vypouštění vody z vltavské kaskády. V kritické situaci se neobrátil na odborníky z Metroprojektu a Metrostavu, aby s jejich pomocí vydal včas příkazy nad rámec povodňových plánů s cílem zabránit zatopení metra. Rozhodnutí o uzavření metra bylo vydáno pozdě. 

Podle Hvíždaly byl na vině náměstek Hejl

Jiný názor měl další dlouholetý kritik pražské radnice zastupitel  Michael Hvížďala (nestraník), který ze zatopení metra vinil náměstka primátora pro dopravu Martina Hejla (ODS). Podle Hvížďaly nevydal Hejl včas rozhodnutí k uzavření podzemních prostor, a tím zapříčinil miliardové škody. "V kauze metro  jednoznačně selhal náměstek Hejl. Paradoxní na celé situaci je to, že následně chtěl předsedat komisi vyšetřující zatopení metra, vyšetřoval by tak prakticky sám sebe," řekl v roce 2002 Hvížďala.

Naopak primátor Igor Němec (ODS) podle Hvížďaly prý neměl na zatopení podíl. Náměstkovo obvinění opřel o skutečnost, že řeka začala do podzemních prostor metra pronikat už v pondělí.

"Ohrožená část podzemí byla uzavřena až v době, kdy rychlost průtoku vody ve Vltavě více než dvojnásobně překročila kritickou hranici uvedenou v povodňovém plánu, který nařizuje okamžité uzavření metra. Hejl jako náměstek pro dopravu a člen krizového štábu zodpovídal za pozdní vydání příkazu k uzavření metra až v momentě, kdy v řece protékalo čtyři tisíce až čtyři tisíce pět set kubíků za vteřinu, oproti plánem nařízených tisíc pět set kubíků za vteřinu," konstatoval Hvížďala.