Napadená část zákona hovoří o tom, že rozvoj a modernizace vodní cesty po řece Labi od Pardubic po hranici s Německem a řeky Vltavy od Třebenic po soutok s Labem je ve veřejném zájmu. Senátoři se postavili na stranu ekologů a upozornili na to, že ustanovení v zákoně je v rozporu s Úmluvou o ochraně evropských planě rostoucích rostlin, volně žijících živočichů a přírodních stanovišť.

Ústavní soud však našel v zákoně výraznější nedostatek. Rozhodnutí o tom, co je ve veřejném zájmu, totiž musí být zpětně přezkoumatelné soudem. Pokud by bylo ukotveno v zákonu, soud by nemohl o otázce vůbec rozhodovat - je totiž zákonem vázán, upozornil Ústavní soud.

Za ekology i senátory se postavil ministr životního prostředí Libor Ambrozek (KDU-ČSL), jenž upozornil na ochranu území v rámci národního parku Labské pískovce a budoucí rezervace sítě Natura 2000. Zákona se naopak podpořil ministr dopravy Milan Šimonovský (KDU- ČSL).

Ministerstvo dopravy, které argumentuje prodloužením doby splatnosti Labe, začalo ustupovat od svého původního záměru postavit dva vodní stupně v Malém Březně na Ústecku a Prostředním Žlebu na Děčínsku poté, co se mu odpor ekologů a ministerstva životního prostředí nepodařilo zlomit. Náklady na výstavbu dvou vodních stupňů včetně prohloubení dna řeky vyčíslilo ministerstvo dopravy na 6,2 miliardy korun.